服务器软件故障是在服务器故障中占有比例最高的部份，约占70%，解决的过程必须更加深思熟虑。导致服务器出现软件故障的原因有很多，最常见的是服务器BIOS版本太低、服务器的管理软件或服务器的驱动程序有BUG、应用程序有冲突及人为造成的软件故障。下面分别举例说明各类软件故障的维修方法。
有一台HP LH6000R服务器，配置为双PIII XEON 700带2M高速缓存的CPU、512M内存。开机后，系统日志报电压调节模块异常（VRM）的错误，报错的信息是：“Voltage Regulator Module (VRM) over/under-voltage 2.88V/0V”。从表面来看，极有可能是服务器的电压调节模块或其它硬件出现故障，极容易导致维护人员认为是硬件故障。维护人员立刻使用其它LH6000R上的硬件来测试，发现即使使用新的配件，此服务器依然报VRM错。就在一筹莫展的时候，维修工程师带来了最新的CPU管理板（CPU Management Control）的固件（FIRMWARE），于是升级了CPU管理板块的FIRMWARE后，服务器恢复立即正常。
FIRMWARE升级方法是，在服务器的NAVIGATOR（导航光盘）中提取CPU管理板（CMC）FIRMWARE的刷新程序，程序为FLASH.EXE，然后将从网上下载的LH6KC.BIN（CPU管理板的FIRMWARE）拷贝到一张DOS启动盘上，用这张盘启动服务器。然后在DOS下运行”FLASH /CMC A:\LH6KC.BIN”，刷新完成后重新启动服务器后即可。这种升级方法也适合刷新系统BIOS等，只是FLASH命令的参数不同以及更新FIRMWARE及BIOS文件名不同，参数请参考服务器的说明。
任何一款服务器的FIRMWARE及BIOS都会有不同的BUG，因为BUG在所难免，所以我们不能错误地认为服务器的BIOS程序就很完善，而应该经常更新服务器的FIRMWARE及BIOS，只是在升级之前应该小心谨慎，错误的升级方法将会导致严重的后果。
目前流行的中高档服务器都拥有强大的管理程序，为客户提供了方便的管理途径；服务器也拥有各种操作系统下的驱动程序，方便了客户在各种操作系统中的使用。但是，世上任何一款程序都会有一些BUG，这些BUG将影响用户使用。但是服务器厂商总是会在第一时间内开发出新的程序，客户只需要及时更新这些程序就可以避免这类故障。
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